Cada familia está dirigida en última instancia por un Don, que era aislado de las operaciones reales por varios niveles de jerarquía. Según la creencia popular, el asesor más cercano y de mayor confianza del Don era el llamado consigliere (‘consejero’ en italiano). En realidad, el consigliere era el encargado de mediar en las disputas internas. También se ocupaba de la economía del «negocio», aunque un segundo también podría hacerlo. Luego habían unos cuantos regimi con un número variable de soldati (‘soldados’), que llevaban a cabo las operaciones reales.
Cada regime era dirigido por un caporegime, que informaba al jefe.
Cuando el jefe tomaba una decisión, nunca daba las órdenes directamente a los soldados que las llevarían a cabo, sino que pasaba las instrucciones hacia abajo por una cadena de mando. De esta forma, las capas más altas de la organización estaban a salvo de verse implicadas si los miembros de las capas más bajas eran capturados. Esta estructura fue inmortalizada en la famosa novela de Mario Puzo El Padrino.
El ritual de iniciación surgido en Sicilia a mediados del siglo XIX apenas ha cambiado hasta hoy. El jefe de la policía de Palermo informó que el mafioso que va a iniciarse es llevado en presencia de un grupo de jefes y subjefes. Uno de estos hombres pincha en el brazo o la mano del que está siendo iniciado y le dirá que derrame la sangre sobre una imagen sagrada, normalmente un santo. El juramento de lealtad se realiza cuando la imagen es partida y quemada, simbolizando la aniquilación de los traidores. Esto fue confirmado por el primer pentito, Tommaso Buscetta.
Un golpe o asesinato debe ser aprobado por los jefes de la familia, ya que existe el peligro de sufrir ataques de represalia que posiblemente iniciasen una guerra. En estado de guerra, las familias «se van a los colchones» (apartamentos en alquiler vacíos en los que unos cuantos soldados dormirían por turnos en colchones en el suelo mientras que el resto se quedarían apostados en las ventanas preparados para disparar a los miembros de las familias rivales). La mafia estadounidense finalmente llegó a tener un mayor número de miembros italianos no sicilianos entre los más acérrimos y forjó buenas relaciones con gangsters de otras nacionalidades, distinguiéndose así de la organización original de Sicilia.
